Formal — to staff
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すみません、お弁当は温めてほしいんですが、冷たい飲み物とは別の袋に入れてもらえますか？
すみません、おべんとうはあたためてほしいんですが、つめたいのみものとはべつのふくろにいれてもらえますか？
Excuse me, I'd like the bento heated, but could you please put it in a separate bag from the cold drink?
Romaji: Sumimasen, obentō wa atatamete hoshii n desu ga, tsumetai nomimono to wa betsu no fukuro ni irete moraemasu ka? / Reply Romaji: Hai, kashikomarimashita. Atatakai mono to tsumetai mono de fukuro o wakemasu ne.
Reply
はい、かしこまりました。温かいものと冷たいもので袋を分けますね。
はい、かしこまりました。あたたかいものとつめたいものでふくろをわけますね。
Yes, certainly. I'll separate the bags for the hot and cold items.
Gesture & etiquette
Point to the bento and then to the cold drink, making a separation gesture with hands.
Do not ask for excessive or complex customizations that might hold up the line, especially during busy hours.