Formal — to staff
Convenience · Store
You
すみません、〇〇（商品名）の限定フレーバーはありますか？棚に見当たらないんですが。
すみません、まるまる（しょうひんめい）のげんていふれーばーはありますか？たなにみあたらないんですが。
Excuse me, do you have the limited edition flavor of "____" (product name)? I can't seem to find it on the shelf.
Romaji: Sumimasen, marumaru (shouhinmei) no gentei furēbā wa arimasu ka? Tana ni miataranain desu ga. / Reply Romaji: Moushiwake gozaimasen, sochira wa shinagire to natte orimasu. Nyūka no yotei mo mitei de shite.
Reply
申し訳ございません、そちらは品切れとなっております。入荷の予定も未定でして。
もうしわけございません、そちらはしなぎれとなっております。にゅうかのよていもみていでして。
I apologize, that item is currently out of stock. The restock schedule is also undetermined.
Gesture & etiquette
Slight bow, point generally to the shelf if you were looking there.
Be polite and understand that limited items often sell out quickly. Do not insist.