Formal — to staff
Izakaya
You
すみません、カウンター席で禁煙の席はありますか？
すみません、カウンターせきできんえんのせきはありますか？
Excuse me, do you have any non-smoking seats at the counter?
Romaji: Sumimasen, kauntaa seki de kin'en no seki wa arimasu ka? / Reply Romaji: Moushiwake gozaimasen, kauntaa seki wa zenseki kitsuen kanou to natte orimasu. Teeburu seki deshitara kin'en seki ga gozaimasu ga, ikaga deshou ka?
Reply
申し訳ございません、カウンター席は全席喫煙可能となっております。テーブル席でしたら禁煙席がございますが、いかがでしょうか？
もうしわけございません、カウンターせきはぜんせききつえんかのうとなっております。テーブルせきでしたらきんえんせきがございますが、いかがでしょうか？
I apologize, all counter seats allow smoking. We have non-smoking table seats if you prefer, how about that?
Gesture & etiquette
No specific gesture, a polite inquiry is sufficient.
Be prepared for the possibility that non-smoking counter seats may not be available. Do not argue if denied.