Formal — to staff
Izakaya · Restaurant
You
すみません、この〇〇（料理名）は、ネギを抜いていただくことは可能ですか？
すみません、このまるまる（りょうりめい）は、ネギをぬいていただくことはかのうですか？
Excuse me, for this [dish name], is it possible to have it without green onions?
Romaji: Sumimasen, kono marumaru (ryōrimei) wa, negi o nuite itadaku koto wa kanō desu ka? / Reply Romaji: Hai, negi nuki de shōchi itashimashita. / Mōshiwake gozaimasen, kochira wa chōri no tsugōjō, negi o nuku koto ga dekimasen.
Reply
はい、ネギ抜きで承知いたしました。／申し訳ございません、こちらは調理の都合上、ネギを抜くことができません。
はい、ネギぬきでしょうちいたしました。／もうしわけございません、こちらはちょうりのつごうじょう、ネギをぬくことができません。
Yes, understood, without green onions. / I apologize, due to the cooking process, we cannot remove the green onions from this dish.
Gesture & etiquette
Point to the menu item.
In small, busy establishments or for pre-made dishes, customizations might not be possible. Don't insist if they say no.