Formal — to staff
Izakaya · Restaurant
You
すみません、この鶏の唐揚げにネギは入っていますか？もし入っているなら、ネギ抜きにできますか？
すみません、このとりのからあげにネギははいっていますか？もしはいっているなら、ネギぬきにできますか？
Excuse me, does this fried chicken (karaage) contain green onions? If so, can I have it without green onions?
Romaji: Sumimasen, kono tori no karaage ni negi wa haitte imasu ka? Moshi haitte iru nara, negi-nuki ni dekimasu ka? / Reply Romaji: Hai, shōchi itashimashita. Shōshō o-jikan o itadakimasu ga, negi-nuki de go-yōi dekimasu.
Reply
はい、承知いたしました。少々お時間をいただきますが、ネギ抜きでご用意できます。
はい、しょうちいたしました。しょうしょうおじかんをいただきますが、ネギぬきでごよういできます。
Yes, certainly. It will take a little extra time, but we can prepare it without green onions.
Gesture & etiquette
Point to the menu item and then make a 'no' gesture while saying the ingredient name.
Be specific about the ingredient. For severe allergies, emphasize 'allergy' (アレルギー) and cross-contamination risk, though it might be safer to avoid dishes where the ingredient is deeply integrated.